En las Yungas jujeñas se han citado 36 especies de quirópteros que habitan distintos microhábitats, de las cuales 4 se encuentran bajo amenaza (SAyDS y SAREM 2019). En el año 2000, se realizó en El Pantanoso el primer relevamiento rápido de este grupo biológico en dos sitios de la Selva Montana, lo que permitió identificar 5 especies (Perovic et al. 2002). En 2019, un nuevo muestreo en El Pantanoso, pero esta vez en la Selva Pedemontana, permitió adicionar una especie más a las identificadas en la reserva. En 2020, El Pantanoso fue declarada Área de Importancia para la Conservación de los Murciélagos (Díaz y de Bustos 2022), figura creada para poner en valor y proteger a los murciélagos en Latinoamérica. En enero de 2023, se relevaron dos sectores de esta área protegida, uno de ellos incendiado el año anterior y el otro no incendiado. La abundancia de capturas de quirópteros fue mayor en el sector no incendiado, dominando Sturnra lilium y S. erythromos. Se registraron en total 4 especies, de las que se destaca Sturnira oporaphylum por ser el primer registro en esta propiedad (en el sector no incendiado), tratándose de una especie rara de capturar.
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